Péptidos - Secuenciación y Síntesis

Cuando se ha obtenido una secuencia para un péptido, la atención puede centrarse en su síntesis. Hay dos problemas a resolver al sintetizar un péptido. Una es desarrollar un método para hacer el enlace peptídico que no dañe nada más en el péptido. Esto se llama "acoplamiento" de los dos aminoácidos. La otra es asegurarse de que los aminoácidos se agreguen al péptido en la secuencia adecuada.

La clave del primer problema es convertir el O - un grupo carboxilato de un aminoácido en un mejor grupo saliente. Hemos visto algo similar cuando convertimos un OH en un Cl al hacer los cloruros de acilo reactivos. Esto se hace mediante el uso de un reactivo llamado diciclohexil carbodiimida, o DCC para abreviar. DCC funciona uniéndose al O , y convirtiéndolo en un buen grupo saliente, bueno porque tiene muchos átomos electronegativos que pueden ayudar a estabilizar la carga negativa a medida que se va. Se dice que un aminoácido que tiene un buen grupo saliente está "activado".

La reacción de acoplamiento real ocurre cuando el grupo amino del aminoácido "a la derecha" en la secuencia ataca el carbono carbonílico del aminoácido "activado" y el DCC se va con el oxígeno al que está unido. Como de costumbre, hay algunos cambios de protones necesarios para ordenar las cosas.

El segundo problema, la adición de aminoácidos en la secuencia deseada, puede ilustrarse considerando la síntesis de un dipéptido como Ala-Gly. Si simplemente mezclamos cantidades iguales de glicina y alanina y ejecutamos una reacción de acoplamiento DDC, obtendremos que las glicinas reaccionen con glicinas para dar Gly-Gly, las alaninas que reaccionan con alaninas para dar Ala-Ala, y las glicinas que reaccionan con alaninas de dos maneras para dar Ala-Gly y Gly-Ala. Esto es un desastre y sería mejor desarrollar un enfoque más específico.